Tweaked the includes in tabFile.h and groupBy.cpp

Makefile

@@ -12,7 +12,7 @@ export CXXFLAGS =	-Wall -O2
 export LIBS     = -lz
 
 # define our source subdirectories
-SUBDIRS = $(SRC_DIR)/bamToBed $(SRC_DIR)/bedToBam $(SRC_DIR)/bed12ToBed6 $(SRC_DIR)/closestBed $(SRC_DIR)/complementBed $(SRC_DIR)/coverageBed $(SRC_DIR)/fastaFromBed $(SRC_DIR)/genomeCoverageBed $(SRC_DIR)/groupBy $(SRC_DIR)/intersectBed $(SRC_DIR)/linksBed $(SRC_DIR)/maskFastaFromBed $(SRC_DIR)/mergeBed   $(SRC_DIR)/overlap $(SRC_DIR)/pairToBed $(SRC_DIR)/pairToPair $(SRC_DIR)/shuffleBed $(SRC_DIR)/slopBed $(SRC_DIR)/sortBed $(SRC_DIR)/subtractBed $(SRC_DIR)/windowBed    
+SUBDIRS = $(SRC_DIR)/bamToBed $(SRC_DIR)/bedToBam $(SRC_DIR)/bedToIgv $(SRC_DIR)/bed12ToBed6 $(SRC_DIR)/closestBed $(SRC_DIR)/complementBed $(SRC_DIR)/coverageBed $(SRC_DIR)/fastaFromBed $(SRC_DIR)/genomeCoverageBed $(SRC_DIR)/groupBy $(SRC_DIR)/intersectBed $(SRC_DIR)/linksBed $(SRC_DIR)/maskFastaFromBed $(SRC_DIR)/mergeBed   $(SRC_DIR)/overlap $(SRC_DIR)/pairToBed $(SRC_DIR)/pairToPair $(SRC_DIR)/shuffleBed $(SRC_DIR)/slopBed $(SRC_DIR)/sortBed $(SRC_DIR)/subtractBed $(SRC_DIR)/windowBed    
 
 UTIL_SUBDIRS =  $(SRC_DIR)/utils/lineFileUtilities $(SRC_DIR)/utils/bedFile $(SRC_DIR)/utils/tabFile $(SRC_DIR)/utils/genomeFile $(SRC_DIR)/utils/gzstream $(SRC_DIR)/utils/bedFilePE $(SRC_DIR)/utils/sequenceUtilities $(SRC_DIR)/utils/BamTools
 

src/groupBy/groupBy.cpp

@@ -10,6 +10,7 @@
   Licenced under the GNU General Public License 2.0+ license.
 ******************************************************************************/
 #include <vector>
+#include <map>
 #include <numeric>
 #include <iterator>
 #include <iostream>

src/utils/tabFile/tabFile.h

@@ -9,22 +9,14 @@
 
   Licensed under the GNU General Public License 2.0+ license.
 ******************************************************************************/
-#ifndef BEDFILE_H
-#define BEDFILE_H
+#ifndef TABFILE_H
+#define TABFILE_H
 
 #include "gzstream.h"
 #include <vector>
-#include <map>
-#include <set>
 #include <string>
 #include <iostream>
-#include <fstream>
-#include <sstream>
-#include <cstring>
-#include <algorithm>
-#include <limits.h>
-#include <stdint.h>
-#include <cstdio>
+
 using namespace std;
 
 // enum to flag the state of a given line in a TAB file.