New tests for slop and flank. Fixed chrom end bug in flank.

src/flankBed/flankBed.cpp

@@ -103,14 +103,15 @@ void BedFlank::AddFlank(BED &bed, int leftFlank, int rightFlank) {
     
     // make the left flank (if necessary)
     if (rightFlank > 0) {
-        if ( (static_cast<int>(right.end) + (rightFlank+1)) <= static_cast<int>(chromSize)) 
+        if ( (static_cast<int>(right.end) + static_cast<int>(rightFlank+1))
+             <= static_cast<int>(chromSize)) 
         {
             right.start    = right.end;
             right.end     += (rightFlank);
         }
         else {
             right.start    = right.end;
-            right.end     += chromSize;
+            right.end      = chromSize;
         }
         // report the right flank
         _bed->reportBedNewLine(right);

src/flankBed/flankBedMain.cpp

@@ -124,8 +124,8 @@ int flank_main(int argc, char* argv[]) {
       cerr << endl << "*****" << endl << "*****ERROR: Need both -l and -r. " << endl << "*****" << endl;
       showHelp = true;
     }
-    if (forceStrand && (!(haveLeft) || !(haveRight))) {
-      cerr << endl << "*****" << endl << "*****ERROR: Must supply -l and -r with -s. " << endl << "*****" << endl;
+    if (forceStrand && ((!(haveLeft) || !(haveRight)) && (!haveBoth))) {
+      cerr << endl << "*****" << endl << "*****ERROR: Must supply -l and -r or just -b with -s. " << endl << "*****" << endl;
       showHelp = true;
     }
 

src/slopBed/slopBedMain.cpp

@@ -124,11 +124,10 @@ int slop_main(int argc, char* argv[]) {
       cerr << endl << "*****" << endl << "*****ERROR: Need both -l and -r. " << endl << "*****" << endl;
       showHelp = true;
     }
-    if (forceStrand && (!(haveLeft) || !(haveRight))) {
-      cerr << endl << "*****" << endl << "*****ERROR: Must supply -l and -r with -s. " << endl << "*****" << endl;
+    if (forceStrand && ((!(haveLeft) || !(haveRight)) && (!haveBoth))) {
+      cerr << endl << "*****" << endl << "*****ERROR: Must supply -l and -r or just -b with -s. " << endl << "*****" << endl;
       showHelp = true;
     }
-
     if (!showHelp) {
         BedSlop *bc = new BedSlop(bedFile, genomeFile, forceStrand, leftSlop, rightSlop, fractional, printHeader);
         delete bc;

test/flank/a.bed

+chr1	100	200	a1	1	+
+chr1	100	200	a2	2	-
+

test/flank/test-flank.sh

+BT=../../bin/bedtools
+
+check()
+{
+	if diff $1 $2; then
+    	echo ok
+		return 1
+	else
+    	echo fail
+		return 0
+	fi
+}
+
+# cat a.bed
+# chr1	100	200	a1	1	+
+# chr1	100	200	a2	2	-
+
+###########################################################
+# test matching flanks via -b
+###########################################################
+echo "    flank.t1...\c"
+echo \
+"chr1	95	100	a1	1	+
+chr1	200	205	a1	1	+
+chr1	95	100	a2	2	-
+chr1	200	205	a2	2	-" > exp
+$BT flank -i a.bed -b 5 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test matching flanks via -l and -r
+###########################################################
+echo "    flank.t2...\c"
+echo \
+"chr1	95	100	a1	1	+
+chr1	200	205	a1	1	+
+chr1	95	100	a2	2	-
+chr1	200	205	a2	2	-" > exp
+$BT flank -i a.bed -l 5 -r 5 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test just a -l flank (-r == 0)
+###########################################################
+echo "    flank.t3...\c"
+echo \
+"chr1	95	100	a1	1	+
+chr1	95	100	a2	2	-" > exp
+$BT flank -i a.bed -l 5 -r 0 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test just a -r flank (-l == 0)
+###########################################################
+echo "    flank.t4...\c"
+echo \
+"chr1	200	205	a1	1	+
+chr1	200	205	a2	2	-" > exp
+$BT flank -i a.bed -l 0 -r 5 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test just a -l flank (-r == 0) with -s
+###########################################################
+echo "    flank.t5...\c"
+echo \
+"chr1	95	100	a1	1	+
+chr1	200	205	a2	2	-" > exp
+$BT flank -i a.bed -l 5 -r 0 -s -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test just a -r flank (-l == 0) with -s
+###########################################################
+echo "    flank.t6...\c"
+echo \
+"chr1	200	205	a1	1	+
+chr1	95	100	a2	2	-" > exp
+$BT flank -i a.bed -l 0 -r 5 -s -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test -b with -s
+###########################################################
+echo "    flank.t7...\c"
+echo \
+"chr1	95	100	a1	1	+
+chr1	200	205	a1	1	+
+chr1	95	100	a2	2	-
+chr1	200	205	a2	2	-" > exp
+$BT flank -i a.bed -b 5 -s -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test going beyond the start of the chrom
+###########################################################
+echo "    flank.t8...\c"
+echo \
+"chr1	0	100	a1	1	+
+chr1	200	400	a1	1	+
+chr1	0	100	a2	2	-
+chr1	200	400	a2	2	-" > exp
+$BT flank -i a.bed -b 200 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test going beyond the end of the chrom
+###########################################################
+echo "    flank.t9...\c"
+echo \
+"chr1	200	1000	a1	1	+
+chr1	200	1000	a2	2	-" > exp
+$BT flank -i a.bed -l 0 -r 1000 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test going beyond the start and end of the chrom
+###########################################################
+echo "    flank.t10...\c"
+echo \
+"chr1	0	100	a1	1	+
+chr1	200	1000	a1	1	+
+chr1	0	100	a2	2	-
+chr1	200	1000	a2	2	-" > exp
+$BT flank -i a.bed -b 2000 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test going beyond the start and end of the chrom with -s
+###########################################################
+echo "    flank.t11...\c"
+echo \
+"chr1	0	100	a1	1	+
+chr1	200	1000	a1	1	+
+chr1	0	100	a2	2	-
+chr1	200	1000	a2	2	-" > exp
+$BT flank -i a.bed -b 2000 -s -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
\ No newline at end of file

test/flank/tiny.genome

+chr1	1000

test/slop/a.bed

+chr1	100	200	a1	1	+
+chr1	100	200	a2	2	-
+

test/slop/test-slop.sh

+BT=../../bin/bedtools
+
+check()
+{
+	if diff $1 $2; then
+    	echo ok
+		return 1
+	else
+    	echo fail
+		return 0
+	fi
+}
+
+# cat a.bed
+# chr1	100	200	a1	1	+
+# chr1	100	200	a2	2	-
+
+###########################################################
+# test matching flanks via -b
+###########################################################
+echo "    slop.t1...\c"
+echo \
+"chr1	95	205	a1	1	+
+chr1	95	205	a2	2	-" > exp
+$BT slop -i a.bed -b 5 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test matching flanks via -l and -r
+###########################################################
+echo "    slop.t2...\c"
+echo \
+"chr1	95	205	a1	1	+
+chr1	95	205	a2	2	-" > exp > exp
+$BT slop -i a.bed -l 5 -r 5 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test just a -l flank (-r == 0)
+###########################################################
+echo "    slop.t3...\c"
+echo \
+"chr1	95	200	a1	1	+
+chr1	95	200	a2	2	-" > exp
+$BT slop -i a.bed -l 5 -r 0 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test just a -r flank (-l == 0)
+###########################################################
+echo "    slop.t4...\c"
+echo \
+"chr1	100	205	a1	1	+
+chr1	100	205	a2	2	-" > exp
+$BT slop -i a.bed -l 0 -r 5 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test just a -l flank (-r == 0) with -s
+###########################################################
+echo "    slop.t5...\c"
+echo \
+"chr1	95	200	a1	1	+
+chr1	100	205	a2	2	-" > exp
+$BT slop -i a.bed -l 5 -r 0 -s -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test just a -r flank (-l == 0) with -s
+###########################################################
+echo "    slop.t6...\c"
+echo \
+"chr1	100	205	a1	1	+
+chr1	95	200	a2	2	-" > exp
+$BT slop -i a.bed -l 0 -r 5 -s -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test -b with -s
+###########################################################
+echo "    slop.t7...\c"
+echo \
+"chr1	95	205	a1	1	+
+chr1	95	205	a2	2	-" > exp
+$BT slop -i a.bed -b 5 -s -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test going beyond the start of the chrom
+###########################################################
+echo "    slop.t8...\c"
+echo \
+"chr1	0	400	a1	1	+
+chr1	0	400	a2	2	-" > exp
+$BT slop -i a.bed -b 200 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test going beyond the end of the chrom
+###########################################################
+echo "    slop.t9...\c"
+echo \
+"chr1	100	1000	a1	1	+
+chr1	100	1000	a2	2	-" > exp
+$BT slop -i a.bed -l 0 -r 1000 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test going beyond the start and end of the chrom
+###########################################################
+echo "    slop.t10...\c"
+echo \
+"chr1	0	1000	a1	1	+
+chr1	0	1000	a2	2	-" > exp
+$BT slop -i a.bed -b 2000 -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
+
+###########################################################
+# test going beyond the start and end of the chrom with -s
+###########################################################
+echo "    slop.t11...\c"
+echo \
+"chr1	0	1000	a1	1	+
+chr1	0	1000	a2	2	-" > exp
+$BT slop -i a.bed -b 2000 -s -g tiny.genome > obs
+check obs exp
+rm obs exp
\ No newline at end of file

test/slop/tiny.genome

+chr1	1000

test/test.sh

@@ -13,6 +13,16 @@ cd bamtobed
 sh test-bamtobed.sh
 cd ..
 
+echo " Testing bedtools coverage:"
+cd coverage
+sh test-coverage.sh
+cd ..
+
+echo " Testing bedtools flank:"
+cd flank
+sh test-flank.sh
+cd ..
+
 echo " Testing bedtools genomecov:"
 cd genomecov
 sh test-genomecov.sh
@@ -32,3 +42,8 @@ echo " Testing bedtools merge:"
 cd merge
 sh test-merge.sh
 cd ..
+
+echo " Testing bedtools slop:"
+cd slop
+sh test-slop.sh
+cd ..