test-sample.sh

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#  Unit tests for sampleFile program
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BT=${BT-../../bin/bedtools}

check()
{
	if diff $1 $2; then
    	echo ok
	else
    	echo fail
	fi
}

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# Create a 1,000 record BED6 file named "mainFile.bed".
# Give it a one line header, to test the -header option.
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echo "#This is the mainFile from which samples will be taken." > mainFile.bed
$BT random -l 1000 -n 1000 -g human.hg19.genome >> mainFile.bed



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#  Test that help is printed when no args are given
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echo "    sample.t01...\c"
$BT sample 2>&1 > /dev/null | grep -iv version > obs
check obs sample_help_withoutVersion.txt
rm obs


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#  Test that we throw an error for unrecognized arguments
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echo "    sample.new.t02...\c"
echo "***** ERROR: Unrecognized parameter: -wrongArg *****" > exp
$BT sample -wrongArg 2>&1 > /dev/null | head -2 | tail -1 > obs
check obs exp
rm obs exp


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#  Test that we throw an error when no input file is given
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echo "    sample.new.t03...\c"
echo "***** ERROR: input file not specified. *****" > exp
$BT sample -n 10 2>&1 > /dev/null | head -2 | tail -1 > obs
check obs exp
rm obs exp


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#  Test that we throw an error for -i without input file
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echo "    sample.new.t04...\c"
echo "***** ERROR: -i option given, but no input file specified. *****" > exp
$BT sample -i 2>&1 > /dev/null | head -2 | tail -1 > obs
check obs exp
rm obs exp


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#  Test that we throw an error for -n given without 
#  number of output records sepcified.
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echo "    sample.new.t05...\c"
echo "***** ERROR: -n option given, but no number of output records specified. *****" > exp
$BT sample -n 2>&1 > /dev/null | head -2 | tail -1 > obs
check obs exp
rm obs exp


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#  Test that we throw an error when num output records
#  exceeds records in file.
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echo "    sample.new.t06...\c"
echo "***** ERROR: Input file has fewer records than the requested number of output records. *****" > exp
$BT sample -i mainFile.bed 2>&1 > /dev/null | head -2 | tail -1 > obs
check obs exp
rm obs exp


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#  Test that we get the requested number of records
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echo "    sample.new.t07...\c"
echo 10 > exp
$BT sample -i mainFile.bed -n 10 | wc -l | cut -f1 -d ' '> obs
check obs exp
rm obs exp


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#  Test that the -seed option gives consistent results
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echo "    sample.new.t08...\c"
$BT sample -i mainFile.bed -n 50 -seed 4 > obs
$BT sample -i mainFile.bed -n 50 -seed 4 > exp
check obs exp
rm obs exp


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#  Test that -header option gives header
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echo "    sample.new.t09...\c"
echo "#This is the mainFile from which samples will be taken." > exp
$BT sample -i mainFile.bed -n 10 -header | head -1 > obs
check obs exp
rm obs exp

rm mainFile.bed