Commit d969b27f authored by Aaron's avatar Aaron
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parent cdf0f8e2
chr1 10 20
chr1 30 40
chr1 10 20 a1 1 +
chr1 100 200 a2 2 -
chr1 20 30 b1 1 +
chr1 90 101 b2 2 -
chr1 100 110 b3 3 +
chr1 200 210 b4 4 +
\ No newline at end of file
BT=../../bin/bedtools
check()
{
if diff $1 $2; then
......@@ -7,6 +9,187 @@ check()
fi
}
echo " intersect.t1 self intersect...\c"
../../bin/bedtools intersect -a a.bed -b a.bed > obs
check obs intersect.t1.exp
###########################################################
# Test a basic self intersection
############################################################
echo " intersect.t01...\c"
echo \
"chr1 10 20 a1 1 +
chr1 100 200 a2 2 -" > exp
$BT intersect -a a.bed -b a.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test a basic self intersection with -v
############################################################
echo " intersect.t02...\c"
# expectation is empty set
touch exp
$BT intersect -a a.bed -b a.bed -v > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test -c
############################################################
echo " intersect.t03...\c"
echo \
"chr1 10 20 a1 1 + 0
chr1 100 200 a2 2 - 2" > exp
$BT intersect -a a.bed -b b.bed -c > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test -c with -s
############################################################
echo " intersect.t04...\c"
echo \
"chr1 10 20 a1 1 + 0
chr1 100 200 a2 2 - 1" > exp
$BT intersect -a a.bed -b b.bed -c -s > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test -c with -s and -f
############################################################
echo " intersect.t05...\c"
echo \
"chr1 10 20 a1 1 + 0
chr1 100 200 a2 2 - 0" > exp
$BT intersect -a a.bed -b b.bed -c -s -f 0.1 > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test plain a and b intersect
############################################################
echo " intersect.t06...\c"
echo \
"chr1 100 101 a2 2 -
chr1 100 110 a2 2 -" > exp
$BT intersect -a a.bed -b b.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test with -wa
############################################################
echo " intersect.t07...\c"
echo \
"chr1 100 200 a2 2 -
chr1 100 200 a2 2 -" > exp
$BT intersect -a a.bed -b b.bed -wa > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test with -wa and -wb
############################################################
echo " intersect.t08...\c"
echo \
"chr1 100 200 a2 2 - chr1 90 101 b2 2 -
chr1 100 200 a2 2 - chr1 100 110 b3 3 +" > exp
$BT intersect -a a.bed -b b.bed -wa -wb > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test with -wo (write overlap)
############################################################
echo " intersect.t09...\c"
echo \
"chr1 100 200 a2 2 - chr1 90 101 b2 2 - 1
chr1 100 200 a2 2 - chr1 100 110 b3 3 + 10" > exp
$BT intersect -a a.bed -b b.bed -wo > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test with -wao (write all overlap)
############################################################
echo " intersect.t10...\c"
echo \
"chr1 10 20 a1 1 + . -1 -1 . -1 . 0
chr1 100 200 a2 2 - chr1 90 101 b2 2 - 1
chr1 100 200 a2 2 - chr1 100 110 b3 3 + 10" > exp
$BT intersect -a a.bed -b b.bed -wao > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test with -wo (write overlap) with -s
############################################################
echo " intersect.t11...\c"
echo \
"chr1 100 200 a2 2 - chr1 90 101 b2 2 - 1" > exp
$BT intersect -a a.bed -b b.bed -wo -s > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test with -wao (write all overlap) with -s
############################################################
echo " intersect.t12...\c"
echo \
"chr1 10 20 a1 1 + . -1 -1 . -1 . 0
chr1 100 200 a2 2 - chr1 90 101 b2 2 - 1" > exp
$BT intersect -a a.bed -b b.bed -wao -s > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test A as -
############################################################
echo " intersect.t13...\c"
echo \
"chr1 100 101 a2 2 -
chr1 100 110 a2 2 -" > exp
cat a.bed | $BT intersect -a - -b b.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test A as stdin
############################################################
echo " intersect.t14...\c"
echo \
"chr1 100 101 a2 2 -
chr1 100 110 a2 2 -" > exp
cat a.bed | $BT intersect -a stdin -b b.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test B as -
############################################################
echo " intersect.t15...\c"
echo \
"chr1 100 101 a2 2 -
chr1 100 110 a2 2 -" > exp
cat b.bed | $BT intersect -a a.bed -b - > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test A as stdin
############################################################
echo " intersect.t16...\c"
echo \
"chr1 100 101 a2 2 -
chr1 100 110 a2 2 -" > exp
cat b.bed | $BT intersect -a a.bed -b stdin > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
###########################################################
# -split #
###########################################################
###########################################################
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