Skip to content
GitLab
Projects
Groups
Snippets
/
Help
Help
Support
Community forum
Keyboard shortcuts
?
Submit feedback
Sign in
Toggle navigation
Menu
Open sidebar
R3
legacy
bedtools2
Commits
706608e5
Commit
706608e5
authored
Feb 25, 2015
by
Neil Kindlon
Browse files
added unit tests for -sorted and multiple databases.
parent
6961cd20
Changes
2
Hide whitespace changes
Inline
Side-by-side
test/subtract/b2.bed
0 → 100644
View file @
706608e5
chr1 5 15
chr1 55 65
test/subtract/test-subtract.sh
View file @
706608e5
...
...
@@ -130,4 +130,146 @@ echo " subtract.t10...\c"
touch
exp
$BT
subtract
-a
c.bed
-b
d.bed
-N
-f
0.39
>
obs
check obs exp
rm
obs exp
\ No newline at end of file
rm
obs exp
###########################################################
#
# REPEAT TESTS 1-8 WITH -sorted
#
###########################################################
###########################################################
# test baseline subtraction
###########################################################
echo
" subtract.t11...
\c
"
echo
\
"chr1 10 18 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -"
>
exp
$BT
subtract
-a
a.bed
-b
b.bed
-sorted
>
obs
check obs exp
rm
obs exp
###########################################################
# test -f subtraction
###########################################################
echo
" subtract.t12...
\c
"
echo
\
"chr1 10 20 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -"
>
exp
$BT
subtract
-a
a.bed
-b
b.bed
-f
0.5
-sorted
>
obs
check obs exp
rm
obs exp
###########################################################
# test -f subtraction
###########################################################
echo
" subtract.t13...
\c
"
echo
\
"chr1 10 18 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -"
>
exp
$BT
subtract
-a
a.bed
-b
b.bed
-f
0.1
-sorted
>
obs
check obs exp
rm
obs exp
###########################################################
# test -s subtraction
###########################################################
echo
" subtract.t14...
\c
"
echo
\
"chr1 10 20 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -"
>
exp
$BT
subtract
-a
a.bed
-b
b.bed
-s
-sorted
>
obs
check obs exp
rm
obs exp
###########################################################
# test -S subtraction
###########################################################
echo
" subtract.t15...
\c
"
echo
\
"chr1 10 18 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -"
>
exp
$BT
subtract
-a
a.bed
-b
b.bed
-S
-sorted
>
obs
check obs exp
rm
obs exp
###########################################################
# test -A subtraction
###########################################################
echo
" subtract.t16...
\c
"
echo
\
"chr1 50 70 a2 2 -"
>
exp
$BT
subtract
-a
a.bed
-b
b.bed
-A
-sorted
>
obs
check obs exp
rm
obs exp
###########################################################
# test -A with -f subtraction
###########################################################
echo
" subtract.t17...
\c
"
echo
\
"chr1 10 20 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -"
>
exp
$BT
subtract
-a
a.bed
-b
b.bed
-A
-f
0.5
-sorted
>
obs
check obs exp
rm
obs exp
###########################################################
# test -A with -f subtraction
###########################################################
echo
" subtract.t18...
\c
"
echo
\
"chr1 50 70 a2 2 -"
>
exp
$BT
subtract
-a
a.bed
-b
b.bed
-A
-f
0.1
-sorted
>
obs
check obs exp
rm
obs exp
###########################################################
#
# TEST WITH MULTIPLE DATABASES
#
###########################################################
###########################################################
# test with 2 DBs
###########################################################
echo
" subtract.t19...
\c
"
echo
\
"chr1 15 18 a1 1 +
chr1 50 55 a2 2 -
chr1 65 70 a2 2 -"
>
exp
$BT
subtract
-a
a.bed
-b
b.bed b2.bed
>
obs
check obs exp
rm
obs exp
###########################################################
# test with 2 DBs, -f option
###########################################################
echo
" subtract.t20...
\c
"
echo
\
"chr1 10 20 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -"
>
exp
$BT
subtract
-a
a.bed
-b
b.bed b2.bed
-f
0.8
>
obs
check obs exp
rm
obs exp
###########################################################
# test with 2 DBs, -f option and -N options
###########################################################
echo
" subtract.t21...
\c
"
echo
\
"chr1 50 70 a2 2 -"
>
exp
$BT
subtract
-a
a.bed
-b
b.bed b2.bed
-f
0.6
-N
>
obs
check obs exp
rm
obs exp
Write
Preview
Supports
Markdown
0%
Try again
or
attach a new file
.
Cancel
You are about to add
0
people
to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Cancel
Please
register
or
sign in
to comment