Commit 57ed945c authored by nkindlon's avatar nkindlon
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Corrected errors caused during merge-conflict resolution

parent f581e4d1
......@@ -231,8 +231,6 @@ bool ContextIntersect::handle_b()
int fileId = getNumInputFiles() -1;
_dbFileIdxs.push_back(fileId);
_fileIdsToDbIdxs[fileId] = _dbFileIdxs.size() -1;
int dbFileIdx = getNumInputFiles() -1;
_dbFileIdxs.push_back(dbFileIdx);
markUsed(_i - _skipFirstArgs);
_i++;
markUsed(_i - _skipFirstArgs);
......
......@@ -377,7 +377,6 @@ void RecordOutputMgr::addDbFileId(int fileId) {
} else {
_outBuf.append(_context->getInputFileName(fileId));
}
_outBuf.append(fileId);
tab();
}
......
chr1 5 25
chr1 65 75
chr1 95 100
chr2 5 25
chr2 65 75
chr2 95 100
chr3 5 25
chr3 65 75
chr3 95 100
chr1 40 50
chr1 110 125
chr2 40 50
chr2 110 125
chr3 40 50
chr3 110 125
chr1 85 115
chr2 85 115
chr3 85 115
chr1 5 25
chr1 65 75
chr1 95 100
chr2 5 25
chr2 65 75
chr2 95 100
chr3 5 25
chr3 65 75
chr3 95 100
chr1 40 50
chr1 110 125
chr2 40 50
chr2 110 125
chr3 40 50
chr3 110 125
# DB 9 Header Line.
chr1 85 115
chr2 85 115
chr3 85 115
chr1 1 20 q1 100 +
chr1 40 45 q2 100 +
chr1 70 90 q3 100 +
chr1 105 120 q4 100 +
chr2 1 20 q5 100 +
chr2 40 45 q6 100 +
chr2 70 90 q7 100 +
chr2 105 120 q8 100 +
chr10 1 20 q9 100 +
chr10 40 45 q10 100 +
chr10 70 90 q11 100 +
chr10 105 120 q12 100 +
# Query 2 Header Line.
chr1 1 20 q1 100 +
chr1 40 45 q2 100 +
chr1 70 90 q3 100 +
chr1 105 120 q4 100 +
chr2 1 20 q5 100 +
chr2 40 45 q6 100 +
chr2 70 90 q7 100 +
chr2 105 120 q8 100 +
chr10 1 20 q9 100 +
chr10 40 45 q10 100 +
chr10 70 90 q11 100 +
chr10 105 120 q12 100 +
echo -e \
"\n###########################################################
#
# MULTIPLE DATABASE INTERSECTION
#
###########################################################\n"
BT=${BT-../../../bin/bedtools}
check()
{
if diff $1 $2; then
echo ok
else
echo fail
fi
}
###########################################################
# Test the intersection of a query with 3 dbs against
# the merged and sorted result of 3
# seperate intersections of the query with each db.
#
# First make sure the 3 seperate intersections are correct.
#
############################################################
echo " intersect.t01...\c"
echo \
"chr1 5 20
chr1 70 75
chr2 5 20
chr2 70 75
chr3 5 20
chr3 70 75" > exp1
$BT intersect -a query.bed -b d1.bed > obs
check obs exp1
rm obs
echo " intersect.t02...\c"
echo \
"chr1 40 45
chr1 110 120
chr2 40 45
chr2 110 120
chr3 40 45
chr3 110 120" > exp2
$BT intersect -a query.bed -b d2.bed > obs
check obs exp2
rm obs
echo " intersect.t03...\c"
echo \
"chr1 85 90
chr1 105 115
chr2 85 90
chr2 105 115
chr3 85 90
chr3 105 115" > exp3
$BT intersect -a query.bed -b d3.bed > obs
check obs exp3
rm obs
###########################################################
# Now test that the R-tree (unsorted input) with sorted
# output will give the correct result
###########################################################
echo " intersect.t04...\c"
cat exp1 exp2 exp3 | sort -k1,1 -k2,2n > exp
$BT intersect -a query.bed -b d1.bed d2.bed d3.bed -sortout > obs
check exp obs
rm obs exp1 exp2 exp3
###########################################################
# And then test that sorted input with sorted
# output will give the correct result
###########################################################
echo " intersect.t05...\c"
$BT intersect -a query.bed -b d1.bed d2.bed d3.bed -sorted -sortout > obs
check exp obs
rm obs exp
###########################################################
#
# Now repeat the above with chroms in a non-standard order
#
###########################################################
echo " intersect.t06...\c"
echo \
"chr1 5 20
chr1 70 75
chr2 5 20
chr2 70 75
chr10 5 20
chr10 70 75" > exp1
$BT intersect -a query2.bed -b d4.bed > obs
check obs exp1
rm obs
echo " intersect.t07...\c"
echo \
"chr1 40 45
chr1 110 120
chr2 40 45
chr2 110 120
chr10 40 45
chr10 110 120" > exp2
$BT intersect -a query2.bed -b d5.bed > obs
check obs exp2
rm obs
echo " intersect.t08...\c"
echo \
"chr1 85 90
chr1 105 115
chr2 85 90
chr2 105 115
chr10 85 90
chr10 105 115" > exp3
$BT intersect -a query2.bed -b d6.bed > obs
check obs exp3
rm obs
###########################################################
# Now test that the R-tree (unsorted input) with sorted
# output will give the correct result
###########################################################
echo " intersect.t09...\c"
cat exp1 exp2 exp3 | sort -k1,1V -k2,2n > exp
$BT intersect -a query2.bed -b d4.bed d5.bed d6.bed -g g.bed -sortout > obs
check exp obs
rm obs exp1 exp2 exp3
###########################################################
# And then test that sorted input with sorted
# output will give the correct result
###########################################################
echo " intersect.t10...\c"
$BT intersect -a query2.bed -b d4.bed d5.bed d6.bed -sorted -g g.bed -sortout > obs
check exp obs
rm obs exp
###########################################################
#
# TEST VARIOUS CMD LINE OUTPUT OPTIONS
#
###########################################################
###########################################################
# Test -c option
###########################################################
echo " intersect.t11...\c"
echo \
"chr1 1 20 1
chr1 40 45 1
chr1 70 90 2
chr1 105 120 2
chr2 1 20 1
chr2 40 45 1
chr2 70 90 2
chr2 105 120 2
chr3 1 20 1
chr3 40 45 1
chr3 70 90 2
chr3 105 120 2" > exp
$BT intersect -a query.bed -b d1.bed d2.bed d3.bed -c -sorted -sortout > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test -f option
###########################################################
echo " intersect.t12...\c"
echo \
"chr1 5 20
chr1 40 45
chr1 110 120
chr1 105 115
chr2 5 20
chr2 40 45
chr2 110 120
chr2 105 115
chr3 5 20
chr3 40 45
chr3 110 120
chr3 105 115" > exp
$BT intersect -a query.bed -b d1.bed d2.bed d3.bed -f .6 > obs
check exp obs
###########################################################
# Test -s option
###########################################################
echo " intersect.t13...\c"
echo \
"chr1 5 20 q1 100 +
chr1 85 90 q3 100 +
chr1 110 120 q4 100 +
chr1 105 115 q4 100 +
chr3 5 20 q9 100 +
chr3 85 90 q11 100 +
chr3 110 120 q12 100 +
chr3 105 115 q12 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -b d7.bed d8.bed d9.bed -s > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test -s option
###########################################################
echo " intersect.t13...\c"
echo \
"chr1 40 45 q2 100 +
chr1 70 75 q3 100 +
chr2 5 20 q5 100 +
chr2 40 45 q6 100 +
chr2 85 90 q7 100 +
chr2 105 115 q8 100 +
chr3 40 45 q10 100 +
chr3 70 75 q11 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -b d7.bed d8.bed d9.bed -S > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test -wo option
###########################################################
echo " intersect.t14...\c"
echo \
"chr1 1 20 1 chr1 5 25 15
chr1 40 45 2 chr1 40 50 5
chr1 70 90 1 chr1 65 75 5
chr1 70 90 3 chr1 85 115 5
chr1 105 120 2 chr1 110 125 10
chr1 105 120 3 chr1 85 115 10
chr2 1 20 1 chr2 5 25 15
chr2 40 45 2 chr2 40 50 5
chr2 70 90 1 chr2 65 75 5
chr2 70 90 3 chr2 85 115 5
chr2 105 120 2 chr2 110 125 10
chr2 105 120 3 chr2 85 115 10
chr3 1 20 1 chr3 5 25 15
chr3 40 45 2 chr3 40 50 5
chr3 70 90 1 chr3 65 75 5
chr3 70 90 3 chr3 85 115 5
chr3 105 120 2 chr3 110 125 10
chr3 105 120 3 chr3 85 115 10" > exp
$BT intersect -a query.bed -b d1.bed d2.bed d3.bed -wo > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test -wa -wb -header option
###########################################################
echo " intersect.t15...\c"
echo \
"# Query 3 Header Line.
chr1 1 20 q1 100 + 1 chr1 5 25 d7_1 100 +
chr1 40 45 q2 100 + 2 chr1 40 50 d8_1 100 -
chr1 70 90 q3 100 + 1 chr1 65 75 d7_2 100 -
chr1 70 90 q3 100 + 3 chr1 85 115 d9_1 100 +
chr1 105 120 q4 100 + 2 chr1 110 125 d8_2 100 +
chr1 105 120 q4 100 + 3 chr1 85 115 d9_1 100 +
chr2 1 20 q5 100 + 1 chr2 5 25 d7_4 100 -
chr2 40 45 q6 100 + 2 chr2 40 50 d8_3 100 -
chr2 70 90 q7 100 + 1 chr2 65 75 d7_5 100 .
chr2 70 90 q7 100 + 3 chr2 85 115 d9_1 100 -
chr2 105 120 q8 100 + 2 chr2 110 125 d8_4 100 .
chr2 105 120 q8 100 + 3 chr2 85 115 d9_1 100 -
chr3 1 20 q9 100 + 1 chr3 5 25 d7_7 100 +
chr3 40 45 q10 100 + 2 chr3 40 50 d8_5 100 -
chr3 70 90 q11 100 + 1 chr3 65 75 d7_8 100 -
chr3 70 90 q11 100 + 3 chr3 85 115 d9_1 100 +
chr3 105 120 q12 100 + 2 chr3 110 125 d8_6 100 +
chr3 105 120 q12 100 + 3 chr3 85 115 d9_1 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -b d7.bed d8.bed d9.bed -wa -wb -header > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test the -filenames option, before db listing
###########################################################
echo " intersect.t16...\c"
echo \
"chr1 1 20 q1 100 + d7.bed chr1 5 25 d7_1 100 +
chr1 40 45 q2 100 + d8.bed chr1 40 50 d8_1 100 -
chr1 70 90 q3 100 + d7.bed chr1 65 75 d7_2 100 -
chr1 70 90 q3 100 + d9.bed chr1 85 115 d9_1 100 +
chr1 105 120 q4 100 + d8.bed chr1 110 125 d8_2 100 +
chr1 105 120 q4 100 + d9.bed chr1 85 115 d9_1 100 +
chr2 1 20 q5 100 + d7.bed chr2 5 25 d7_4 100 -
chr2 40 45 q6 100 + d8.bed chr2 40 50 d8_3 100 -
chr2 70 90 q7 100 + d7.bed chr2 65 75 d7_5 100 .
chr2 70 90 q7 100 + d9.bed chr2 85 115 d9_1 100 -
chr2 105 120 q8 100 + d8.bed chr2 110 125 d8_4 100 .
chr2 105 120 q8 100 + d9.bed chr2 85 115 d9_1 100 -
chr3 1 20 q9 100 + d7.bed chr3 5 25 d7_7 100 +
chr3 40 45 q10 100 + d8.bed chr3 40 50 d8_5 100 -
chr3 70 90 q11 100 + d7.bed chr3 65 75 d7_8 100 -
chr3 70 90 q11 100 + d9.bed chr3 85 115 d9_1 100 +
chr3 105 120 q12 100 + d8.bed chr3 110 125 d8_6 100 +
chr3 105 120 q12 100 + d9.bed chr3 85 115 d9_1 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -filenames -b d7.bed d8.bed d9.bed -wa -wb > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test the -filenames option, after db listing
###########################################################
echo " intersect.t17...\c"
echo \
"chr1 1 20 q1 100 + d7.bed chr1 5 25 d7_1 100 +
chr1 40 45 q2 100 + d8.bed chr1 40 50 d8_1 100 -
chr1 70 90 q3 100 + d7.bed chr1 65 75 d7_2 100 -
chr1 70 90 q3 100 + d9.bed chr1 85 115 d9_1 100 +
chr1 105 120 q4 100 + d8.bed chr1 110 125 d8_2 100 +
chr1 105 120 q4 100 + d9.bed chr1 85 115 d9_1 100 +
chr2 1 20 q5 100 + d7.bed chr2 5 25 d7_4 100 -
chr2 40 45 q6 100 + d8.bed chr2 40 50 d8_3 100 -
chr2 70 90 q7 100 + d7.bed chr2 65 75 d7_5 100 .
chr2 70 90 q7 100 + d9.bed chr2 85 115 d9_1 100 -
chr2 105 120 q8 100 + d8.bed chr2 110 125 d8_4 100 .
chr2 105 120 q8 100 + d9.bed chr2 85 115 d9_1 100 -
chr3 1 20 q9 100 + d7.bed chr3 5 25 d7_7 100 +
chr3 40 45 q10 100 + d8.bed chr3 40 50 d8_5 100 -
chr3 70 90 q11 100 + d7.bed chr3 65 75 d7_8 100 -
chr3 70 90 q11 100 + d9.bed chr3 85 115 d9_1 100 +
chr3 105 120 q12 100 + d8.bed chr3 110 125 d8_6 100 +
chr3 105 120 q12 100 + d9.bed chr3 85 115 d9_1 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -b d7.bed d8.bed d9.bed -filenames -wa -wb > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test the -names option, before db listing
###########################################################
echo " intersect.t18...\c"
echo \
"chr1 1 20 q1 100 + blue chr1 5 25 d7_1 100 +
chr1 40 45 q2 100 + red chr1 40 50 d8_1 100 -
chr1 70 90 q3 100 + blue chr1 65 75 d7_2 100 -
chr1 70 90 q3 100 + green chr1 85 115 d9_1 100 +
chr1 105 120 q4 100 + red chr1 110 125 d8_2 100 +
chr1 105 120 q4 100 + green chr1 85 115 d9_1 100 +
chr2 1 20 q5 100 + blue chr2 5 25 d7_4 100 -
chr2 40 45 q6 100 + red chr2 40 50 d8_3 100 -
chr2 70 90 q7 100 + blue chr2 65 75 d7_5 100 .
chr2 70 90 q7 100 + green chr2 85 115 d9_1 100 -
chr2 105 120 q8 100 + red chr2 110 125 d8_4 100 .
chr2 105 120 q8 100 + green chr2 85 115 d9_1 100 -
chr3 1 20 q9 100 + blue chr3 5 25 d7_7 100 +
chr3 40 45 q10 100 + red chr3 40 50 d8_5 100 -
chr3 70 90 q11 100 + blue chr3 65 75 d7_8 100 -
chr3 70 90 q11 100 + green chr3 85 115 d9_1 100 +
chr3 105 120 q12 100 + red chr3 110 125 d8_6 100 +
chr3 105 120 q12 100 + green chr3 85 115 d9_1 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -names blue red green -b d7.bed d8.bed d9.bed -wa -wb > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test the -names option, after db listing
###########################################################
echo " intersect.t18...\c"
echo \
"chr1 1 20 q1 100 + blue chr1 5 25 d7_1 100 +
chr1 40 45 q2 100 + red chr1 40 50 d8_1 100 -
chr1 70 90 q3 100 + blue chr1 65 75 d7_2 100 -
chr1 70 90 q3 100 + green chr1 85 115 d9_1 100 +
chr1 105 120 q4 100 + red chr1 110 125 d8_2 100 +
chr1 105 120 q4 100 + green chr1 85 115 d9_1 100 +
chr2 1 20 q5 100 + blue chr2 5 25 d7_4 100 -
chr2 40 45 q6 100 + red chr2 40 50 d8_3 100 -
chr2 70 90 q7 100 + blue chr2 65 75 d7_5 100 .
chr2 70 90 q7 100 + green chr2 85 115 d9_1 100 -
chr2 105 120 q8 100 + red chr2 110 125 d8_4 100 .
chr2 105 120 q8 100 + green chr2 85 115 d9_1 100 -
chr3 1 20 q9 100 + blue chr3 5 25 d7_7 100 +
chr3 40 45 q10 100 + red chr3 40 50 d8_5 100 -
chr3 70 90 q11 100 + blue chr3 65 75 d7_8 100 -
chr3 70 90 q11 100 + green chr3 85 115 d9_1 100 +
chr3 105 120 q12 100 + red chr3 110 125 d8_6 100 +
chr3 105 120 q12 100 + green chr3 85 115 d9_1 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -b d7.bed d8.bed d9.bed -names blue red green -wa -wb > obs
check exp obs
rm exp obs
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