diff --git a/test/map/test-map.sh b/test/map/test-map.sh index d30ee763775f03befed5bc33f564f49915a89ada..bd25ff4084bcc698b9bb64080b9630c77fb1627e 100644 --- a/test/map/test-map.sh +++ b/test/map/test-map.sh @@ -617,4 +617,47 @@ chr10 20 30 ." > exp $BT map -g genome -a a.vsorted.bed -b b.vsorted.bed -c 1 -o collapse > obs check obs exp +########################################################### +# Test invalid column +############################################################ +echo " map.t41..\c" +echo \ +" +***** +*****ERROR: requested column 41 , but record only has fields 1 - 6. Exiting. + +*****" > exp +$BT map -a ivls.bed -b values5.bed -c 41 -o collapse 2> obs +check obs exp + +rm obs exp + +########################################################### +# Test invalid column +############################################################ +echo " map.t42..\c" +echo \ +" +***** +*****ERROR: requested column -1 , but record only has fields 1 - 6. Exiting. + +*****" > exp +$BT map -a ivls.bed -b values5.bed -c -1 -o collapse 2> obs +check obs exp + +rm obs exp + +########################################################### +# Test invalid column +############################################################ +echo " map.t43..\c" +echo \ +" +***** +*****ERROR: requested column 0 , but record only has fields 1 - 6. Exiting. + +*****" > exp +$BT map -a ivls.bed -b values5.bed -c 0 -o collapse 2> obs +check obs exp + rm obs exp